原標(biāo)題:種質(zhì)資源數(shù)據(jù)管理智能化、雜交組合篩選用上模型推演——
從一粒玉米看智慧育種(經(jīng)濟(jì)聚焦·農(nóng)田里的新鮮事)
正大種業(yè)海南樂(lè)東南繁基地,65畝試驗(yàn)田里的玉米大多迎來(lái)收獲期。湖北襄陽(yáng)正大種業(yè)股份有限公司首席生物育種專家吳坤走到一株玉米旁,掰下一個(gè)玉米棒,剝開(kāi)層層葉子,整齊、圓潤(rùn)、飽滿的玉米粒粒分明?!翱雌饋?lái),這是一個(gè)有顯著產(chǎn)量?jī)?yōu)勢(shì)的雜交組合?!彼醪脚袛?。
從幾平方米到十幾平方米,65畝試驗(yàn)田被分成1.6萬(wàn)余個(gè)面積大小不一的種植小區(qū),每一個(gè)小區(qū)都種著不同的材料或品種。過(guò)去的這個(gè)冬季,吳坤帶著團(tuán)隊(duì)在這里種植提純鑒定1.1萬(wàn)余份用作玉米雜交的親本材料;同時(shí),還繁育組配了超過(guò)5000個(gè)雜交組合,為6月初在黃淮海地區(qū)廣泛開(kāi)展品種試驗(yàn)備種。
打開(kāi)手機(jī),對(duì)準(zhǔn)一個(gè)試驗(yàn)品種的條形碼,吳坤示范起如何利用湖南長(zhǎng)沙百奧云數(shù)據(jù)科技有限公司研發(fā)的田間采集終端豐富品種數(shù)據(jù):株高、病害、果穗情況……這些數(shù)據(jù)采集后會(huì)被上傳到生物育種數(shù)智平臺(tái)。
這些數(shù)據(jù)以前都采用紙質(zhì)記錄形式,或者以電子表格的形式存儲(chǔ)在電腦里;現(xiàn)在,不僅數(shù)據(jù)錄入效率更高,而且相關(guān)數(shù)據(jù)可以在數(shù)智平臺(tái)上形成完整鏈路,讓后續(xù)對(duì)材料的評(píng)價(jià)更有科學(xué)依據(jù)?!跋喈?dāng)于給育種材料做家族基因圖譜。有了這個(gè)譜系,以后它們家族的更多后代長(zhǎng)啥樣,輕點(diǎn)鼠標(biāo),就能調(diào)取電子畫(huà)像。”吳坤介紹。
隨著5000多個(gè)玉米雜交組合的收獲接近尾聲,吳坤已經(jīng)開(kāi)啟更忙的“考種”工作——哪些組合表現(xiàn)出可觀的品種優(yōu)勢(shì),可以進(jìn)入小試、中試、大試,哪些因?yàn)樘镩g表現(xiàn)不佳而被淘汰,團(tuán)隊(duì)在一兩周內(nèi)就要完成判斷。
“傳統(tǒng)育種主要依靠育種人員自身的經(jīng)驗(yàn)判斷,現(xiàn)在以數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)的科學(xué)模型正在彌補(bǔ)經(jīng)驗(yàn)判斷的不足?!眳抢ふf(shuō),糧食作物產(chǎn)量表現(xiàn),既與其自身基因相關(guān),也受環(huán)境、栽培水平等影響。盡管基因測(cè)序越來(lái)越便捷,但玉米產(chǎn)量還并不確切關(guān)聯(lián)某幾個(gè)具體的基因片段。因此,找到玉米田間高產(chǎn)表現(xiàn)與特定基因的相關(guān)性,大數(shù)據(jù)或許是一種有效的輔助判斷。
為了節(jié)約育種時(shí)間、提升效率,前幾年起,正大種業(yè)與長(zhǎng)沙百奧云數(shù)據(jù)科技有限公司合作,引入生物育種數(shù)智平臺(tái),對(duì)種質(zhì)資源及育種過(guò)程數(shù)據(jù)開(kāi)展信息化、智能化存儲(chǔ)、記錄和處理。
之所以這樣做,要從一粒玉米種子的培育過(guò)程說(shuō)起。
培育出一粒優(yōu)良的玉米種子,要先在海量不同基因的玉米種質(zhì)資源中,篩選出合適的父本材料和母本材料,配制成千上萬(wàn)個(gè)雜交組合到田間種植;收獲后,從中選擇田間表現(xiàn)最好的10%,與選定的不同品種親本雜交或自交,再次篩選……如此循環(huán)重復(fù),直至篩選出產(chǎn)量、抗性等各方面都穩(wěn)定且有良好表現(xiàn)的組合,到不同區(qū)域開(kāi)展田間試驗(yàn)。
“像海選一樣,讓雜交組合一代代晉級(jí)。”吳坤打了個(gè)比方,每一個(gè)最終確定的玉米雜交組合,至少需要經(jīng)過(guò)5代篩選,“再加上投入市場(chǎng)前的審定階段,一代玉米品種的成功繁育,短則經(jīng)歷七八年,長(zhǎng)則經(jīng)歷十幾年?!?/p>
提升育種效率,意味著要在更短的時(shí)間里,找到更優(yōu)的雜交組合。然而,雜交組合的數(shù)量幾乎是無(wú)窮的?!氨热缣暨x1萬(wàn)個(gè)育種材料與10個(gè)材料雜交,就能獲得10萬(wàn)種組合,即便一種組合只種幾平方米,一個(gè)科研團(tuán)隊(duì)也很難將10萬(wàn)種組合全種下去并且采集數(shù)據(jù)、收獲測(cè)產(chǎn)。”吳坤說(shuō),育種專家過(guò)去必須依靠經(jīng)驗(yàn)判斷,在近乎無(wú)窮的組合中,挑選出有限的組合數(shù)量,開(kāi)展田間試驗(yàn)。
能否通過(guò)理論預(yù)測(cè),把表現(xiàn)較好的部分挑選出來(lái),或者把最差的部分剔除掉,再到不同地方開(kāi)展田間試驗(yàn)?這就需要基于數(shù)據(jù)建模分析。
“我們搭建的生物育種數(shù)字化平臺(tái),為科研團(tuán)隊(duì)提供了從數(shù)據(jù)管理到模型構(gòu)建的便利,基于模型,育種專家能夠先預(yù)測(cè)再驗(yàn)證?!卑賷W云董事長(zhǎng)王冰冰說(shuō),隨著模型預(yù)測(cè)精度的持續(xù)提升,將持續(xù)減輕驗(yàn)證工作壓力,從而提升育種效率。
國(guó)內(nèi)種業(yè)公司隆平高科數(shù)據(jù)分析專家認(rèn)為:“在數(shù)智平臺(tái)助力下,全基因組選擇技術(shù)顯著提升了玉米和水稻育種效率。通過(guò)對(duì)多個(gè)生態(tài)區(qū)建模并驗(yàn)證,該技術(shù)可在縮減50%試驗(yàn)規(guī)模的同時(shí)仍保留近80%的優(yōu)良品種,使育種效率提升近60%?!?/p>
基于種質(zhì)資源基因型數(shù)據(jù)和雜交組合田間表型數(shù)據(jù),正大種業(yè)從幾年前開(kāi)始,著手構(gòu)建并完善包含數(shù)十種參數(shù)的玉米育種模型。
2025年6月,僅在黃淮海夏玉米主產(chǎn)區(qū),正大種業(yè)就在3個(gè)代表性試驗(yàn)點(diǎn)開(kāi)展了超過(guò)4000個(gè)初配玉米雜交組合的田間試驗(yàn)?!斑@些組合,全部來(lái)自育種專家的篩選,其中,超過(guò)10%的組合經(jīng)過(guò)模型預(yù)測(cè)。”吳坤說(shuō)。
當(dāng)時(shí),有近200個(gè)雜交組合,基于材料的基因數(shù)據(jù)和田間表型數(shù)據(jù)等參數(shù),模型預(yù)測(cè)不具備明顯產(chǎn)量?jī)?yōu)勢(shì),但團(tuán)隊(duì)還是種到了地里?!敖Y(jié)果10月份收獲驗(yàn)證,超過(guò)160個(gè)雜交組合產(chǎn)量表現(xiàn)相對(duì)不佳,否定性的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率超過(guò)80%。”吳坤說(shuō),如果這種準(zhǔn)確率持續(xù)得到驗(yàn)證,未來(lái)在篩選用于田間試驗(yàn)的組合時(shí),預(yù)測(cè)為不佳的組合就可以直接被淘汰,從而節(jié)省試驗(yàn)田和人力資源。
在吳坤的試驗(yàn)中,模型去年預(yù)測(cè)高產(chǎn)的200多個(gè)組合里,實(shí)際驗(yàn)證相對(duì)高產(chǎn)的不到100個(gè),正向預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確率還只有40%左右。今年,正大種業(yè)一邊繼續(xù)調(diào)優(yōu)參數(shù),優(yōu)化模型;一邊繼續(xù)在黃淮海地區(qū)、西南地區(qū)、東北地區(qū)等不同區(qū)域的試驗(yàn)田廣泛開(kāi)展模型預(yù)測(cè)與育種專家傳統(tǒng)經(jīng)驗(yàn)預(yù)測(cè)的對(duì)比試驗(yàn),以驗(yàn)證并進(jìn)一步優(yōu)化模型預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確率。
“隨著預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率的穩(wěn)步提升,更多雜交組合可以跳過(guò)田間小試甚至中試階段,直接開(kāi)展大試,推動(dòng)一個(gè)品種的育成時(shí)間節(jié)約一到兩年甚至更長(zhǎng)時(shí)間?!眳抢ふf(shuō)。
■記者手記
育種人的不變與變
筆者采訪過(guò)不少育種人,這些年,他們的身上,有著不變與變。
不變的是,每年冬季,大江南北的育種專家如同候鳥(niǎo)一般,“遷徙”到海南南繁基地,利用熱帶的光熱,在有限的時(shí)間里,提純材料,做雜交試驗(yàn)。轉(zhuǎn)過(guò)年,又迅速回到祖國(guó)廣袤的耕作區(qū),將收獲的種子,播撒到地里,開(kāi)展田間試驗(yàn)。
一只只追趕光陰、追逐光熱的“候鳥(niǎo)”,用行動(dòng)助力保障糧食安全;每一個(gè)揮灑汗水、埋首耕耘的身影,都在為端穩(wěn)中國(guó)飯碗貢獻(xiàn)力量。
變的,則是育種的手段從未停止創(chuàng)新。從傳統(tǒng)育種,到雜交育種;從分子育種,再到數(shù)據(jù)模型輔助育種……理念不斷突破,科技持續(xù)進(jìn)步,我國(guó)的育種水平,也逐步從跟跑、并跑到部分領(lǐng)跑。
今年中央一號(hào)文件提出,深入實(shí)施種業(yè)振興行動(dòng)。這個(gè)春天里,育種人正在農(nóng)業(yè)強(qiáng)國(guó)建設(shè)的道路上奮勇前進(jìn)。
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